研究業績

†筆頭著者, *責任著者

Shibamato A†, Kitsu Y†, Shibata K, Kaneko Y, Moriizumi H, Takahashi T*
microRNA-guided immunity against respiratory virus infection in human and mouse lung cells.
Biol. Open 13, bio060172. (2024)
ヒトまたはマウス肺で発現するmiRNAの抗ウイルス作用について情報科学的に解析した論文です.
木津くんのインタビュー

Shibata K†, Moriizumi H†, Onomoto K, Kaneko Y, Miyakawa T, Zenno S, Tanokura M, Yoneyama M, Takahashi T*, Ui-Tei K*.
Caspase-mediated processing of TRBP regulates apoptosis during viral infection.
Nucleic Acids Res. (2024)
RNAサイレンシング因子TRBPの機能変換がウイルス感染による細胞死とインターフェロン応答のバランスを制御することを示した論文です.
日本語プレスリリース / 英語プレスリリース

Hishida A, Shirai R, Higo A, Matsutani M, Nimura-Matsune K, Takahashi T, Watanabe S, Ehira S, Hihara Y*.
CRISPRi knockdown of the cyabrB1 gene induces the divergently transcribed icfG and sll1783 operons related to carbon metabolism in the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
J. Gen. Appl. Microbiol. (2024)

Kaneko Y, Takahashi T*.
AraC-induced neuron-like differentiation of human NTERA2/D1cells and quantification of endogenous pre-mir-106b and 19b levels.
microPubl Biol. 10.17912/micropub.biology.000803. (2023)
AraCを使って神経様細胞に分化させたヒトNTERA2/D1細胞におけるmiRNA発現変動解析の論文です.

Kaneko Y, Naito Y, Koide R, Parrish NF, Takahashi T*.
The regulation of persistent Borna disease virus infection by RNA silencing factors in human cells.
Biochem. Biophys. Res. Commun. 658, 122-127. (2023)
ボルナ病ウイルスの持続感染をRNAサイレンシング因子が正または負に制御することを示した論文です.

Maekawa H. Otsubo M, Sato MP, Takahashi T, Mizoguchi K, Koyamatsu D, Inaba T, Ito-Inaba Y*.
Establishing an efficient protoplast transient expression system for investigation of floral thermogenesis in aroids.
Plant Cell Rep. 41, 263-275. (2022)

Takahashi T*, Heaton SM, Parrish NF*.
Mammalian antiviral systems directed by small RNA.
PLoS Pathogens 17, e1010091. (2021)
ヒトなどの哺乳類における小分子ノンコーディングRNA（siRNA, miRNA, piRNA, tRNA）による抗ウイルス生体防御機構と核酸医薬としての応用についての総説です.

Takahashi T*, Ui-Tei K*.
Mutual regulation of RNA silencing and the IFN response as an antiviral defense system in mammalian cells.
Int. J. Mol. Sci. 21, E1348. (2020)
インターフェロン応答（ヒトなどの哺乳類において高度に発達しており、ウイルスなどの外来核酸において誘導される）とRNAサイレンシング（植物や無脊椎動物では抗ウイルス生体防御機構、ヒトでは内在遺伝子発現制御機構として機能している）のクロストーク機構についての総説です.

Komori C, Takahashi T, Nakano Y, Ui-Tei K*.
TRBP-Dicer interaction enhances HIV-1 TAR RNA translation via TAR microRNA processing, repressing host-cell apoptosis.
Biol. Open, 9, bio050435. (2020)
HIVのLTRにあるTARと呼ばれるRNA領域とTRBP（TAR-RNA binding protein）の論文です.

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Yoneyama M, Ui-Tei K*.
LGP2 virus sensor enhances apoptosis by upregulating apoptosis regulatory genes through TRBP-bound miRNAs during viral infection.
Nucleic Acids Res. 48, 1494-1507. (2020)
RIG-I-like receptorsの一つであるLGP2がRNAサイレンシングのRegulatorとして働くことで、miRNAを介してウイルス感染細胞の細胞死が促進されることを示した論文です.
日本語プレスリリース

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Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Yoneyama M, Ui-Tei K*.
Virus sensor RIG-I represses RNA interference by interacting with TRBP through LGP2 in mammalian cells.
Genes, 9, 511. (2018)
RIG-I-like receptorsであるRIG-IとLGP2がsiRNAに結合すること、またshRNA誘導型RNAiを抑制することを示した論文です.

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei K*.
LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs.
Nucleic Acids Res., 46, 9134-9147. (2018)
RIG-I-like receptorsの一つであるLGP2がRNAサイレンシングのRegulatorであることを示した論文です.
日本語プレスリリース

Takahashi T, Nakano Y, Ui-Tei K*.
Current Status for Application of RNA Interference Technology as Nucleic Acid Drug.
InTechOpen “Gene Expression and Regulation in Mammalian Cells” 149-162. (2018)
siRNAを用いた核酸医薬についての総説です.

Iribe H, Miyamoto K, Takahashi T, Kobayashi Y, Leo J, Aida M, Ui-Tei K*.
Chemical modification of the siRNA seed region suppresses off-target effects by steric hindrance to base-pairing with targets.
ACS Omega, 2, 2055-2064. (2017)
siRNAシード領域への化学修飾の導入がRNAi効果及びオフターゲット効果に与える影響を解析した論文です.

高橋朋子、程久美子
RNA干渉法の核酸医薬への利用（1）
核酸医薬学会誌, 21, 14-21. (2017)

中野悠子、高橋朋子, 程久美子
siRNAの利点と技術開発・安全性評価
先端治療技術の実用化と開発戦略（核酸医薬、免疫療法、遺伝子治療、細胞医薬品）第1章5節, 技術情報協会 (2017)

高橋朋子, 程久美子
核酸医薬とsmall RNA
DOJIN BIOSCIENCEシリーズ「非コードRNA」, 第14章, 148-155, 化学同人 (2016)

Kamola PJ, Nakano Y, Takahashi T, Wilson PA, Ui-Tei K*.
The siRNA Non-Seed Region and its Target Sequences are Auxiliary Determinants of Off-Target Effects.
PLoS Comput. Biol. 11, e1004656. (2015)
siRNAの非シード領域がオフターゲット効果に与える影響を解析した論文です.

Nishi K, Takahashi T, Suzawa M, Miyakawa T, Nagasawa T, Ming Y, Tanokura M, Ui-Tei K*.
Control of the localization and function of a miRNA silencing component TNRC6A by Argonaute protein.
Nucleic Acids Res. 43, 9856-73. (2015)
RNAサイレンシング因子TNRC6AとAGOの細胞内局在制御の論文です.

程久美子, 高橋朋子
ノンコーディングRNAの生体機能と医薬応用の現状
核酸医薬の創製と応用展開, 13-20, シーエムシー出版. (2015)

Takahashi T, Zenno S, Ishibashi O, Takizawa T, Saigo K, Ui-Tei K*.
Interactions between the non-seed region of siRNA and RNA-binding RLC/RISC proteins, Ago and TRBP, in mammalian cells.
Nucleic Acids Res. 42, 5256-69. (2014)
RNAi効果を高く維持したままオフターゲット効果を大幅に抑制できるDNA /RNAキメラ型siRNAの部位特異的役割解明の論文です. LGP2がRNAサイレンシングのRegulatorだということをみつけるきっかけになった論文です（Figure 7BのProtein Xは当時LGP2だと思っていました）.

高橋朋子, 程久美子
miRBase 〜miRNAのデータベース〜
実験医学別冊今日から使える！データベース・ウェブツール, 第2章 12, 86-87, 羊土社. (2014)

高橋朋子, 程久美子
miRNAの標的予測ウェブサイト
実験医学別冊今日から使える！データベース・ウェブツール, 第2章 13, 88-91, 羊土社. (2014)

Takahashi T, Miyakawa T, Zenno S, Nishi K, Tanokura M, Ui-Tei K*.
Distinguishable In Vitro Binding Mode of Monomeric TRBP and Dimeric PACT with siRNA.
PLoS ONE 8, e63434. (2013)
Dicer相互作用因子TRBPとPACTのsiRNA結合アフィニティー及び結合様式が異なることを示した論文です.

Ui-Tei K*, Nishi K, Takahashi T, Nagasawa T.
Thermodynamic control of small RNA-mediated gene silencing.
Front. Genet. 3, 101. (2012)
塩基対の熱力学的安定性がsiRNAのRNAi効果及オフターゲット効果にどのような影響を与えるかをまとめた総説です.

西賢二、高橋朋子、長沢達矢、程久美子
RNAi実験の準備と実践 3. 修飾基のついたsiRNAのRNAi効果とその選択
実験医学別冊目的別で選べる遺伝子導入プロトコール, 第3章, 50-54, 羊土社. (2012)

Takahashi T, Nakai N, Muramatsu M, Hihara Y*.
The role of multiple HLR1 sequences in the regulation of the dual promoters of the psaAB genes in Synechocystis sp. PCC 6803 .
J. Bacteriol. 192, 4031-4036. (2010)

Seino Y, Takahashi T, Hihara Y*.
The response regulator RpaB binds to the upstream element of photosystem I genes to work for positive regulation under low-light conditions in Synechocystis sp.Strain PCC 6803 .
J. Bacteriol. 191, 1581-1586. (2009)